In eerste instantie is Brain Blocks ontwikkeld met als doel  psycho-educatie over autisme te geven. Hierbij is het uitgangspunt dat cliënten zelf het beste weten wat ze voelen en ervaren. Het uitnodigen tot het verbeelden van deze ervaringen staat van oorsprong in de werkwijze centraal.

De Brain Blocks beelden die cliënten van hun ervaringen maken geven echter inzicht in de manier waarop de client de relatie met zichzelf, anderen en zijn omgeving vorm geeft. Daarbij geeft het inzicht in ontwikkeling en de mogelijkheid om tot reflectie op het eigen functioneren te komen.

Al snel is de werkwijze met Brain Blocks uitgebreid gericht op het doorzien van oorzaak en gevolg binnen de interactie met anderen en het werken aan belemmerende overtuigingen. Het al dan niet hebben van een diagnose speelt hierbij geen rol. Brain Blocks richt zich op mensen met een relationele hulpvraag waarbij een mogelijke diagnose enkel mede richting voor behandeling geeft.

Ook belangrijke anderen worden in de werkwijze met Brain Blocks meegenomen aangezien het werken met beelden de communicatie verbetert en het draagvlak creëert voor anders denken, voelen en handelen.